Заметьте, вопрос об ударении относится исключительно к множественному числу слова "отрасль", с единственным у него все в порядке: отрасль, отрасли, отраслью, об отрасли - везде ударение на начальном "О". А вот с множественным числом сложнее, трудности возникают, начиная с родительного падежа. Например, большинство Отраслей или большинство отраслЕй?
Орфоэпический словарь под редакцией Р. Аванесова считает допустимыми оба варианта. Но, честно говоря, чтобы не запутаться, лучше не обращать внимания на эту вольность и следовать единому правилу: так же, как в единственном числе, ударение во всех падежах на начальное О - Отрасли, Отраслей, Отраслям, Отраслями, об Отраслях.
Слово "отрасль" наше, исконное, в словаре В. Даля оно обнаруживается в статье про глагол "отращивать". И правда, мы совсем позабыли, что у растений бывает "отрасль" (побег, новый сучок)! Бывает еще и "отрасль" человеческого рода, это попросту потомство. А бывает отрасль наук, знаний, промышленности - часть, отдел, ветвь. Любопытный пример приводит в связи с этим Даль: вот скажите, знаете ли вы, что "мочальный промысел делился на отрасли - рогожную, лапотную и лычажную"?
Так что каких только не бывает Отраслей. Но Отраслей!
Марина Королева
