Прежде всего пени бывают разные. Есть такое устаревшее слово: пеня. Пожалуй, нам об этом слове напоминает сегодня только глагол "пенять": пеняй на себя - то есть жалуйся на себя, сетуй на себя.
читайте также
Другое дело - пени, о которых мы вспоминаем, когда нам начисляют штрафы. Пеня - это и есть штраф за невыполнение или просрочку обязательств, которые установлены законом или приняты по договору. Слово явно иностранное, это мы понимаем, но не знаем, откуда оно. Зато у словарей есть предположения на этот счет: так, Толковый словарь под редакцией Н. Шведовой сообщает, что слово по происхождению латинское (poena - наказание, кара), а в русский язык было заимствовано непосредственно из польского (pena).
Так что, как видим, оно соответствует по ударению и языку-источнику, и языку-посреднику. Словарь ударений И. Резниченко дает хороший совет: вы не сделаете ошибку в ударении, если, склоняя слово "пени", будете мысленно ориентироваться на слово "штраф": штрАфа - пЕней, штрАфу - пЕням. В обоих словах ударение всегда на первом слоге.
