Уснул среди роскоши

1.06.06. Четверг. Поставил один ПЦР-опыт. Все прошло хорошо. Одно волновало: надо научиться правильно обсчитывать результаты ПЦР в реальном времени. Существует простейшая формула для проведения расчетов. Ей я пользовался до сих пор, однако, на сайте, посвященном, молекулярной биологии я узнал о многих, ранее неизвестных для меня важных деталях подобных расчетов. Возникло желание поговорить с опытными людьми.

2.06.06. Пятница. Договорился с рабочими об установке стеллажей в одной из наших комнат. Стеллажи понравились. Обговорили цену и плату за установку. День установки назначили на понедельник. Сообщил об этом шефу. Он вскоре отдал требуемую сумму, а за одним и зарплату за май. Вечером как обычно пошел на танцы.

3.06.06. Суббота. Поставил еще два ПЦР-опыта. Это были повторности первого опыта, поставленного в четверг.

4.06.06. Воскресенье. Читал Кастанеду.

5.06.06. Понедельник. Поставил еще два ПЦР-опыта. На лабораторном семинаре сказал, что пока что есть только сырые данные, их еще нужно обработать. На этом семинар закончился. Проконтролировал установку стеллажей. Шефу стеллажи понравились.

6.06.06. Вторник. В лаборатории ничего не делал. Сидел в Интернете, отвечал на почту. Играл в игры.

Вечером — занятия танцы. На этот раз в группе для продолжающих не хватало партнерш. Моя партнерша не пришла из-за загруженности на работе. Привлекли девушек из группы начинающих. Было видно, что для них это сложно. Преподаватели поняли это и давали в основном простые элементы. В отсутствие своей партнерши я танцевал с девушкой из начинающей группы. Глядя на другие пары, ей захотелось попробовать сделать некоторые элементы. Я объяснил и показал, на мой взгляд, простые элементы. Ей очень понравилось.

7.06.06. Среда. В лаборатории снова бездельничал. Совершенно не было желания работать.

8.06.06. Четверг. Хотел сделать эксперимент, но в последний момент обнаружил, что сделал серьезную ошибку при приготовлении реактивов. Опыт отложил на следующий день.

Вечером заменял знакомого в антикварном магазине в качестве ночного охранника. Летом прошлого года я уже работал здесь, также подменяя другого знакомого. Оба хорошо знают меня и доверяют моему опыту, как ночного дежурного. Работа не сложная и идеально сочетается с любой дневной деятельностью.

Уснул среди роскоши.

9.06.06. Пятница. Целый день с утра до позднего вечера ставил опыт, который не получилось выполнить во вторник. Неожиданно для меня опыт оказался очень большим. Ума не приложу, почему вместо 5 часов я потратил 10! Может, ошибся при планировании эксперимента? Или был не тот настрой, потратил время на мелочи? Так или иначе, в результате ради науки пожертвовал танцами. Немного расстроился. Жаль, конечно, что научная работа порой выполняется в ущерб личной жизни, но наука требует жертв. Наверное, я мог бы успеть все сделать. В следующий раз буду предусмотрительнее.

10.06.06. Суббота. Я снова дежурю в ночную смену в антикварном магазине.

11.06.06. Воскресенье. Заехал в институт сфотографировал чашки Петри с растущими на них дрожжевыми культурами. Это идет мой опыт большой опыт. Колонии клеток еще маленькие и рока рано делать выводы, надо дождаться завтра. Этот эксперимент должен показать, какие из частей изучаемого мною регуляторного белка важны для его работы в системе целой клетки. Критерием оценки важности/неважности данной части белка я выбрал чувствительность клеток к действию химических агентов. Известно, что мутантные клетки с удаленным геном, кодирующий мой белок, очень плохо растут на культуральной среде, если в нее добавить химические соединения, нарушающие клеточный метаболизм. Если в такие клетки ввести плазмиду, содержащую ген моего белка, то такие клетки снова обретут устойчивость к различным химикатам. А что будет если в мутантные клетки ввести плазмиду, содержащую только часть этого гена? Это не известно. И это очень интересно! Для устойчивости клеток к вредным веществам нужен весь ген или что-то можно удалить без потери этого свойства клеток? И если да, то какие части необходимы для работы белка, а какие нет? На эти вопросы и должен ответить этот эксперимент.

12.06.06. Понедельник. Проверил, как растут дрожжевые колонии на культуральных чашках. Они выросли! Уже можно ответить на вопросы, поставленные в эксперименте. Оказалось, что можно удалить часть гена, причем в самом центре и образующийся с этого гена белок будет работать. Необходимыми и достаточными для работы белка частями являются передняя и задняя. Почему нужна его задняя часть понятно — это домен, отвечающий за связывание ДНК. Но совсем непонятно, почему необходима передняя часть. Ясно, что она может служить для взаимодействия с другими белками. Полученные данные очень хорошо согласуются с результатами ранее поставленных мною экспериментов, в которых я определял транскрипционную активность различных мутантных форм белка. Мутант без передней части совершенно неактивен. При анализе аминокислотной последовательности я не нашел, что особенно примечательное, но все же эксперименты показывают важность этого участка, значит, что-то в этой части белка есть. Надо искать дальше.

Поскольку день был выходным, то лабораторного семинара не было.

Вечером, ровно в 19.00 я уже был в антикварном магазине. На одном из столов я обнаружил книжку «Менеджер Мафии». Автор — некий загадочный мистер  V. Полистав эту небольшую брошюру, я понял, что она мне нравится. Через мгновение я был полностью поглощен ее чтением. Подобную книжку я раньше никогда не держал в руках. Мне понравился ее краткий, но в то же время емкий язык, темный, но четкий юмор. Еще книга привлекла тем, что некоторое истины, излагаемые в ней я уже испытал на своей шкуре. Одно из них: «Будьте осторожнее с желаниями — они могут сбыться». В свое время я сформулировал похожую мысль так: «Самое опасное в мечтах — то, что они могут сбыться».

13.06.06. Вторник. Обсуждал со старшим научным сотрудником метод задержки в геле (по англ. Gel Retardation Assay). Метод позволяет показать взаимодействие белка с ДНК. У него простой принцип. Изучаемый белок инкубируется с коротким фрагментом ДНК, который радиоактивно мечен. Далее смесь разделяется в полиакриламидном геле. Гель высушивается и экспонируется с экраном, чувствительным к радиоактивному излучению. Потом этот экран сканируется на специальном приборе, подключенном к компьютеру. Итоговое изображение появляется на экране. Если белок связался с ДНК, то образуются тяжелые комплексы, которые в геле перемещаются медленнее, чем свободный фрагмент ДНК. В результате, на экране монитора мы видим две полосы: нижняя соответствует свободной ДНК, а верхняя — комплексу ДНК и белка.

Этот метод я решил использовать для того, чтобы показать, что удаление передней части изучаемого мною белка не влияет на его ДНК-связывающие свойства.

14.06.06. Среда. Учил молекулярно биологическим методам Женю — дипломницу из нашей лаборатории. Ей захотелось освоить другие методы, которыми она еще не владеет. Рабочие руки мне никогда не были лишними, поэтому я охотно согласился ее обучать, а за одним и продвигаться вперед в своих исследованиях.

15.06.06. Четверг. Начал подготовку к методу ретардации в геле. Приготовил необходимые растворы, получил препараты белка.

16.06.06. Пятница. Продолжил подготовку к эксперименту по задержке ДНК в геле. На этот раз подготовил образцы белка. Поскольку был конец недели, конечно же хочется посидеть за чаем и пообщаться. Поговорил душевно с Юлей сотрудницей нашей лаборатории. Каждый рассказал о своих жизненных проблемах. Думаю, к концу беседы на душе стало легче.

17.06.06. Суббота. Поставил несколько ПЦР в реальном времени. Задача эксперимента заключалась в том, чтобы определить уровень мРНК одного из генов, регулируемых моим белком в штамме, в котором синтезируется полноразмерная форма белка, и в штамме в котором синтезируется мутантная форма, без передней части. Полученные результаты хорошо согласуются с данными, полученными мною ранее. Из этих экспериментов следовал вывод, что передняя часть белка необходима ему для работы. И это было удивительным.

18.06.06. Воскресенье. Поставил ПЦР в реальном времени. По совершенно непонятной причине реакция не прошла. Еще вчера все получалось, а тут на тебе. Для меня это не впервой. Если раньше бы я впал в полную тоску и уныние, бичуя себя за «плохие руки», то сейчас я отнесся к этому спокойно. Возникла только легкая грусть и недоумение. Что ж, надо найти ошибку. Убедиться в том, что предыдущие этапы эксперимента выполнены правильно. А может все-таки я что-то сделал не так. Ведь сегодня воскресенье, а по выходным всегда что-то такое эдакое происходит.

Ваш Дмитрий Сергеевич Карпов