Идеи приходят во сне
13 апреля 2006
1.04.06. Суббота. На чашках, посеянных позавчера, снова ничего не выросло. В мыслях зародилось сомнение: по данным статьи, на этот день я должен увидеть колонии клеток. Но их нет! Опыт не воспроизвелся.
В чем причина? Может, я сделал что-то не так? Взял не те разведения клеток? Добавил слишком много химического агента? Так или иначе чашки были совершенно пустыми, как будто на них ничего и не было посеяно.
Настроение немного опустилось.
Проверил электронную почту писем нет.
Около 17.00 уже был в школе: у нас, молекулярных биологов, семинар. На этот раз обсуждали детали регуляции работы генов с помощью механизма так называемой РНК-интерференции. Суть этого явления в том, что в геноме организмов закодированы очень короткие РНК, которые соответствуют мРНК, считываемой с некоторых генов. И эти РНК подавляют работу этих генов.
2.04.06. Воскресенье. Читал Карлоса Кастанеду. Чувствую, что я увлекся им. Его книги близки мне по духу и приводят к размышлениям над реальностью. Сегодня начал читать вторую книгу «Новые беседы с Доном Хуаном». Из нее запомнилось, что человек знания (по Кастанеде это человек, желающий осознанно получить истинное знание об окружающем его мире) должен быть легким и гибким. Я невольно сравнил ученых с этим образом. Я встречал в науке людей старшего возраста, которые тем не менее были очень бойкими и расторопными.
Вечером посмотрел снятый по роману братьев Стругацких «Трудно быть Богом» одноименный фильм. Мне нравится научная фантастика. У Стругацких она особенная. Я читал этих авторов и ещё в детстве видел несколько кинолент по их произведениям. Теперь смотрел другими глазами. После фильма я понял: то, о чем они пишут, можно представить как некий эксперимент. Есть объект, заданы условия или правила поведения и далее идет развитие событий. Мне показалось, что произведения Стругацких направлены на то, чтобы заставить задуматься над бытием человека, критически его осознать и постараться ответить на вопрос: а можно ли его изменить, и если менять, то что? Что было бы, если бы мы могли
3.04.06. Понедельник. Поставил опыт. С помощью ПЦР я проверил, содержат ли полученные штаммы дрожжей плазмиду. Эти штаммы были дополнительными к основной серии, которые сотрудница Вера получила ранее. Результат положительный. Заодно я проверил свою идею. Эта идея пришла мне, когда я отдыхал дома.
Все началось из-за сна. В этом сне мне приснился опыт по удалению участков N-концевой области белка. Утром я стал размышлять над этим сном. Что же может быть необычного в этой части белка? Тут же вспомнилось высказывание научного руководителя на одном из семинаров: если белок стабилен, то он не работает. Что могло бы объяснить этот парадокс? И внезапно меня осенило. Это может быть убиквитинирование! Убиквитинирование это процесс в результате которого к молекуле белка, который должен быть разрушен клеткой, пришивается цепочка, звенья которой составляет маленький белок, называемый убиквитин. Иными словами, убиквитин своеобразная черная метка для белка. Такой белок далее разрушается в большом протеазном комплексе, называемом протеасомой. В последнее время выясняется, что убиквитин нужен не только для того, чтобы метить белки для уничтожения клеткой. Он также выступает в роли регулятора активностей белков. И моя идея состояла в том, что при участии убиквитина Rpn4 не только быстро разрушается, но и работает!
Чтобы проверить эту идею я решил выяснить, работает ли белок в штамме, в котором нарушено убиквитинирование Rpn4. Этот штамм у нас в лаборатории есть! Он обозначается как ΔUBR2. Т.е. в этом штамме нарушена работа белка Ubr2, который как раз и метит Rpn4 убиквитином. И, конечно, активность Rpn4 я проверял по уровню мРНК, тех генов, которые регулируются им. Я поставил предварительный опыт, где использовал грубый метод оценки количества мРНК. Опыт показал, что действительно в этом штамме уровень мРНК Rpn4-регулируемого гена RPT4 ниже по сравнению со штаммом дикого типа. Это и означает, что в этом штамме Rpn4 неактивен. Это подтверждает мою идею!
Я почувствовал глубокое интеллектуальное удовлетворение. В моей голове родилась предположение, я смог придумать эксперимент, чтобы его проверить и предположение оказалось верным. Просто замечательно! По-научному! В ближайшее время я еще раз сделаю этот же эксперимент, но с большим числом повторностей и более точным методом. Истина должна повторятся в опыте.
Продолжение следует
